Ak mi príde faktúra na predplatné na rok 2009 v januári, zaúčtujem to tiež ako náklady budúcich období? Alebo to už dám celú sumu ako náklad bežného obdobia?

Je to náklad roku 2009, čiže netýka sa žiadnych budúcich období.
Nepotrebuješ robiť časové rozlíšenie.

A keď som už tak zaúčtovala, je to veľká chyba?

Nie je to chyba, iba to teraz potrebuješ dostať cez ID do nákladov. Ja tak bežne účtujem, nakoľko máme mesačné závierky a musí byť pravdivý obraz toho ktorého mesiaca, čiže zaúčtujem na náklady budúcich období a mesačne rozpúšťam do nákladov ID