mal podpísanú dohodu o hmotnej zodpovednosti? Inventúru ste mali robiť okamžite pri prvom zistení a v prítomnosti zamestnanca.

áno zodpovednosť mal len toľko že on hneď odišiel a máme tam aj svedka druhého zamestnanca a on nahrával posledné 2 mesiace tovar sám

Pozri ZP:
§ 179
Všeobecná zodpovednosť zamestnanca za škodu
1) Zamestnanec zodpovedá zamestnávateľovi za škodu, ktorú mu spôsobil zavineným porušením povinností pri plnení pracovných úloh alebo v priamej súvislosti s ním. Zamestnávateľ je povinný preukázať zamestnancovo zavinenie okrem prípadov uvedených v § 182 a 185.

(2) Zamestnanec zodpovedá aj za škodu, ktorú spôsobil úmyselným konaním proti dobrým mravom.

Veľa závisí od toho, či viete dokázať trestnú činnosť a či ju chcete dokazovať. Samotné záznamy v SW pre evidenciu skladového hospodárstva Vám súd (súdny znalec) s najvyššou pravdepodobnosťou neuzná ako dôkaz o trestnej činnosti.
Na druhej strane na samotnú výpoveď stačí opakovaná absencia.

No mi sme mu chceli dať výpoved aj so znením s porušením pracovnej disciplíny aby tam aj bola spomenutá krádež aby nám škodu aj zaplatil je to veľká suma

Pokiaľ nie je právoplatne odsúdený za trestný čin, platí prezumpia neviny a jeho vinou sa nemôže argumentovať ani v pracovnom práve.
Preto by som mu dal disciplinárnu výpoveď na základe absencií a súčasne s tým by som podal trestné oznámenie za kradnutie - ak mu viete dokázať aspoň niečo. Škoda sa môže uplatniť v trestnom konaní.

takže sme mali najskôr zavolať políciu? a nie formulovať to do výpovede?

Do výpovede jedine vtedy, keby sa písomne priznal. Čo zrejme neurobí, lebo už si uvedomuje, že mu ide o basu.

§ 228a
Dohoda o pracovnej činnosti
(3) Dohoda o pracovnej činnosti sa uzatvára na určitú dobu alebo na neurčitý čas. V dohode možno dohodnúť spôsob jej skončenia. Okamžité skončenie dohody možno dohodnúť len na prípady, v ktorých možno okamžite skončiť pracovný pomer. Ak spôsob skončenia nevyplýva priamo z uzatvorenej dohody, možno ju skončiť dohodou účastníkov k dohodnutému dňu a jednostranne len výpoveďou bez uvedenia dôvodu s 15 - dennou výpovednou dobou, ktorá sa začína dňom, v ktorom sa písomná výpoveď doručila.

Okamžité skončenie pracovného pomeru
§ 68
(1) Zamestnávateľ môže okamžite skončiť pracovný pomer výnimočne a to iba vtedy, ak zamestnanec
a) bol právoplatne odsúdený pre úmyselný trestný čin,
b) porušil závažne pracovnú disciplínu.

Predpokladám, že ste neboli dohodnutí na spôsobe skončenia, takže podľa uvedeného mu môžete dať výpoveď s 15 dennou VD od dňa doručenia.
Treba preštudovať ZP ohľadom hmotnej zodpovednosti a inventarizácie http://www.porada.sk/t56527-zakonnik-prace-od-22-02-2014-a.html#184
Ak si myslíte, že z neho nedostanete náhradu za tovar a peniaze vlastnými silami, treba sa obrátiť na políciu. Najprv by som ešte skúsila dostať ho do firmy, spraviť inventarizáciu a spísať to s ním - je to v jeho záujme.
Ak si myslíte, že by sa krádež dala vyriešiť aj bez polície, môžete sa s ním písomne dohodnúť na splatení škody podľa § 191. Ak by po podpísaní nezaplatil, môžete sa obrátiť na súd, malo by sa to dať vymáhať štandardnou cestou - exekútor.
Z toho čo píšete vyzerá to skorej na trestné oznámenie, tam je neisté čo sa bude dať dokázať. Každopádne držím palce.