K už vystavenej faktúre dobropis a vysporiadaš prípadnú úhradu.

ale zákazník neuhradil faktúru, môže sa vystavit aj storno faktúra, som neplatca dph alebo iba dobropis? Pri dobropise úhrady ako spravím, aby mi neostali na konci roka neuhradené faktúry?

urobíš dohodu o vzájomnom započítaní pohľadávok a záväzkov resp. oznámenie o jednostrannom zápočte pohľadávok

ale zákazník nie je odberatel, ale súkromná osoba, ktorý neprebral zásielku odoslanú cez e-shop a nemá ani faktúru a neberie ani telefon, V tom prípade ako urobím dohodu o vzájomnom zápočte?

tak cez ID urob zápočet (úhrady) vystavených faktúr

a storno faktúra v akom prípade sa môže vystaviť?

pozri tu, hoci vy nie ste platitelia DPH, ale prečítaj si:
https://www.porada.sk/t219866-datumy-na-storno-fakture-a-dobropise.html
https://www.porada.sk/t201471-storno-faktura.html
ak FA nebola zaplatená, tak urobíš storno, je to o to jednoduchšie, že nie ste platitelia DPH

merita: buď urobíš storno faktúry, alebo dobropis a JEDNOSTRANNÉ započítanie pohľadávok... tam nepotrebuješ ani podpis druhej strany