Nič sa nezmenilo, nie je to ani novinka, stále platí §19 zákona o dph.
(4)
Ak je platba prijatá pred dodaním tovaru alebo služby, vzniká daňová povinnosť z prijatej platby dňom prijatia platby.

Presne tak. Zrejme internetový obchod konečne začal konať podľa zákona, ktorý platí už niekoľko rokov, alebo zmenil majiteľa...

Pozri si §72.
Aj keby nemusel, tak môže. Zákon to nezakazuje.
Neuviedol si, či si FO alebo PO ani či si platiteľ DPH.

alebo mal daňovú kontrolu s "bonusom"

Súhlas.

no neviem, z preddavkovej platby, predfaktúry sa nikdy DPH nevyčísľovalo

To, že sa nikdy nevýčisľovalo ešte neznamená, že to bolo vždy(lebo nie vždy to tak musí byť) aj správne.

musel by som sa na to ešte pozrieť podrobnejšie, ale myslím, že softvér alfa s tým ani nepočíta

Momentálne je stav taký, že dostaneš /mal by si dostať/ predfaktúru, kde sa DPH NERIEŠI /nevyčísľuje/. Následne ju dotyčný uhradí. Keď príde úhrada na účet predávajúcemu, vystaví FAKTÚRU na prijatú platbu, kde je už DPH vyčíslené. Vtedy on odvedie /zaúčtuje DPH/ na výstupe a kupujúci si ho môže uplatniť /zaúčtovať DPH na vstupe/. Po dodaní tovaru/služby sa vystaví konečná, vyúčtovacia faktúra, kde sú aj DPH údaje a aj odrátaná zaplatená záloha. Ak treba niečo ešte uhradiť, zúčtuje sa zostatok, teda suma bez DPH a DPH na vstupe z toho zostatku. Ak bola záloha v celkovej sume rovnajúcej sa vyúčtovacej faktúre, tak vtedy sa neúčtuje nič, lebo DPH už bolo na strane predávajúceho a kupujúceho zúčtované, akurát sa daná vec zaradí do užívania.
PS: predfaktúry ale nie sú povinné, ale ak predávajúci požaduje platbu vopred, vtedy ju vystaví a po prijatí platby už je POVINNÝ vystaviť aj faktúru, teda daňový doklad.

dobre, zoberme si takýto modelový príklad: predávajúci zašle predfaktúru (nebude vyčíslená DPH), po príchode platby na účet, ihneď ešte v ten istý deň zašle predávajúci tovar aj spolu s faktúrou (daňovým dokladom), kde bude vyčíslená DPH aj uvedený preddavok, faktúra uhradená (pri 100% preddavku - na úhradu =0), takto by stačili 2 doklady, predfaktúra, faktúra

V takomto prípade netreba faktúru k prijatej platbe, kedže je faktúra zo samotného dodania tovaru vystavená do 15 dní od prijatia preddavku.

takže z toho vyplýva, že daňový doklad k prijatej platbe sa samostatne nevystavuje?

Vystavuje v prípade, že dodanie tovaru nie je do 15 dní od prijatia platby. Tak ako som uviedla, kedy nemusíš, tak je to aj naopak, kedy musíš. Pretože prijatie platby sa považuje za dodanie.

a ešte dôležitá otázka: má internetový obchod používať VRP? predpokladá sa, že všetky platby idú prevodom na účet

V takom prípade nie.

Prosím Vás, ktorý paragraf nám hovorí, že ak je tovar dodaný do 15 dní od prijatia zálohy, stačí vystaviť jednu faktúru. Ďakujem.

§73.
Ale tebe by asi nezaškodilo prečítať si celý zákon o DPH.