Pozrite si § 25 ods. 6 ZDPH ... na základe písomnej dohody obchodných partnerov nie je nevyhnutné opravovať základ dane a DPH pri znížení ceny tovaru alebo služby po vzniku daňovej povinnosti.

Účtovanie zľavy v PD záleží od toho, čoho sa týka. Ak tovaru, tak v kolónke PD - tovar.

A ako si ju mám evidovať ako došlu faktúru do záväzkov ako dobropis alebo faktúru? a potom ju zuaučtovať ako dobropis? do nákupu materiálu? A s DPH to namá žiadny vplyv? lebo máme dodatok k zmluve že sa nebude účtovať podľa zákona DPH, tak asi nie... Prosím napíšte mi najaký postup... Ďakujem.

To je na Vás. Obidva spôsoby môžu byť správne, záleží od interných postupov. Spravidla evidujeme dobropisy v knihe DF mínusom. Nie je však vylúčené ani sledovanie v pohľadávkach.

Ak budete účtovať ako drobropis v rámci evidencie záväzkov (došlých faktúr), nebude žiadny problém ani zaúčtovanie úhrady v peňažnom denníku v druhovom členení materiál (ak sa tohto nákupu týkala pôvodná faktúra).
Podľa toho čo uvádzate nie ... zmluvne máte dohodnuté, že sa DPH uplatňovať nebude.