Účtovanie závisí od toho, či ide o dotáciu na úhradu nákladov alebo o dotáciu na obstaranie dlhodobého majetku, ale v konečnom dôsledku je dotácia spravidla daňovo neutrálna. Dotácie na úhradu nákladov sa zahŕňajú do základu dane a zároveň z nej hradené výdavky sú daňovými výdavkami. Podľa § 17 ods. 3 písm. h bod 2 ZDP sa do základu dane nezahrnie dotácia resp. jej časť v zdaňovacom období jej prijatia, ak v tom istom období nebola použitá na úhradu daňových výdavkov. Investičné dotácie sa zahŕňajú do zdaňovaných príjmov postupne časovo rozlíšené vo výške príslušných odpisov. Dodatočné daňové priznanie je možné podať kedykoľvek do doby začatia daňovej kontroly (aj opakovane).