Poľnohospodárske dotácie boli oslobodené od dane podľa starého zákona o dani z príjmov (§ 4 ods. 1 písm. n) zák. 366/1999 Z.z.), zákon platný v súčasnosti už takéto ustanovenie neobsahuje. K účtovaniu dotácie som narýchlo na stránke Ministerstva poľnohospodárstva ani PPA nenašiel nič bližšie, ale keďže ide o nenávratné dotácie z európskych fondov, malo by sa na ich účtovanie vzťahovať metodické usmernenie MF SR k čerpaniu, k účtovaniu a zdaňovaniu nenávratného príspevku zo štrukturálnych fondov z rozpočtu Európskych spoločenstiev pre súkromný a verejný sektor (
http://www.finance.gov.sk/Default.aspx?CatID=4207 ). V usmernení
sa pre JÚ uvádza: "
nenávratný finančný príspevok určený na úhradu bežných prevádzkových výdavkov sa zahrnie do základu dane v tom zdaňovacom období, v ktorom sa do daňových výdavkov zahrnie výdavok (náklad) hradený z tohto príspevku". Keďže všetky prevádzkové výdavky súvisiace s poľnohospodárskou výrobou (aj tie, na úhradu ktorých bola zčasti alebo úplne poskytnutá dotácia) sú daňovým výdavkom v bežnom roku, v tom istom roku by sa do zdaniteľných príjmov mala zaúčtovať aj príslušná dotácia.