V zásade s.r.o. a rozpočtové organizácie účtujú systémom podvojného účtovníctva. Rozdiel je v tom, že v RO okrem účtovania o nákladoch a výnosoch funguje rozpočtové hospodárenie príjmov a výdajov, v rámci ktorého sa účtuje podľa rozpočtovej ekonomickej a funkčnej klasifikácie a kódov zdrojov. Zároveň sa stanovuje rozpočet, sleduje sa jeho plnenie a robia sa rozpočtové opatrenia pri prečerpaní položiek. Či sa to dá stihnúť naučiť, záleží od šikovnosti, zároveň je nutné si naštudovať viacero zákonov, ktoré sa týkajú RO napr. o rozpočtových pravidlách a pod.