Ak sa vedie účtovníctvo, tak dotáciu treba časovo rozlíšiť. Príjem dotácie je príjem neovplyvňujúci základ dane. Na konci roka sa interným dokladom preúčtuje do príjmov ovplyvňujúcich základ dane do tej výšky koľko sa z tej dotácie použilo. Zároveň nevyčerpanú dotáciu treba uviesť vo výkaze majetku a záväzkov, ako záväzok voči UPSVaR.
Ak sa nevedie účtovníctvo a uplatňujú si náklady paušálne, tak celý príjem dotácie je zdaniteľným príjmom.