Máš dve možnosti
1. fakturuješ 1000 eur, tým pádom poškodzuješ seba, lebo doteraz si si zo vstupov odpočítala DPH, po zrušení registrácie sa tvoje vstupy "predražujú" o zaplatenú, ale neodpočitateľnú DPH
2. prerokuješ s odberateľom novú skutočnosť a dohodnete sa na kompromise, teda na cene, ktorá zohľadní tvoje zvýšené náklady.