Správca úloh neukazuje vyťaženie disku, ale vyžaženie CPU a pamäte. Skôr si myslím, že tvoj PC má málo pamäte, preto pri každej operácii swapuje údaje z pamäte na disk. Primárne by pomohlo zväčšiť pamäť, u bežných windowsoch môžeš až na 4 GB, pri 64 bit aj viac, neviem, koľko je limit.
Ak si naozaj myslíš, že je to diskom, tak by ti pomohlo vymeniť HDD za SSD, aspoň systémový. Ja už vo všetkých PC, čo mám doma, mám pre systém SSD a pre dáta veľkokapacitný HDD.