Keď už aj tak ideš formátovať disk, rozdel ho aspoň na dve partície, a jednu partíciu naformátuj na FAT32 a druhú na NTFS - a máš po dileme. FAT32 sa dá docela bez problémov prekonvertovať na NTFS, opačne je to ťažšie (väčšia pravdepodobnosť straty dát).
Každý zo súborových systémov má svoje výhody aj nevýhody. Treba si zvážiť riziko a podľa toho sa rozhodnúť. Áno, FAT32 môže byť pri zápise rýchlejšie, ale za NTFS hovorí väčšia stabilita. Pre obnovu dát (obzvlášť keď je HDD pripojený cez SATA radič) pri úplnom spadnutí systému je výhoda mať FAT32, pri NTFS sa veľakrát dá k nim dostať až cez špeciálne nástroje (pri FAT stačí aj live CD...)
Konkrétne si pozri, čo vravia (t.j. píšu) k jednotlivým súborovým systémom najpovolanejší (i keď to netreba brať ako dogmu) tu:
http://support.microsoft.com/kb/100108/cs