Údaje v kontrolnom výkaze nezachytávajú viaceré skutočnosti, ktoré sú zachytené v daňovom priznaní DPH, ako napríklad:
úprava dane koeficientom,
odvod DPH pri krádeži,
časový posun pri samozdanení...
Čísla uvedené v daňovom priznaní teda nemusia byť zhodené s číslami uvedenými v kontrolnom výkaze.
Odvod Dph pri krádeži sa uvádza v r. 28 v plusovej hodnote.