Zamestnanec musi poziadat o RZD alebo podat danove priznanie (aj vzhladom na vysku prijmu ma povinnost), kde mu vznikne nedoplatok dane, ktoru bude vracat.

Ty nemas povinnost sledovat, ci jeho prijem prekroci hranicu pocas roka, je na nom, ci si bude uplatnovezt NZD mesacne, ale musi si byt vedomy, ze bude musiet vratit to, co si uplatnil a v celorocnom suhrne mu narok nevznikol.
(alebo inak, vie komu podakovat, ze je platitel "milionarskej dane")

ak požiadal, tak ročné zúčtovnie dane alebo vystaviť potvrdenie a bude si musieť urobiť daňové priznanie

Neopravuješ nič, ty mu môžeš vykonať RZD za rok 2015, ak oň požiadal a nedoplatok mu zrazíš zo mzdy.

Doporučujem ho poučiť, resp. nech vo Vyhlásení .... zruší prostredníctvom odd. IV., že si nebude uplatňovať NČZD od 1.1.2016, čo potvrdí svojim podpisom.
Myslím si, že ak mu za rok 2016 pri RZD vznikne daňový preplatok, bude ho to menej "bolieť", ako nedoplatok a ešte sa poteší, že sa mu budúci rok prostredníctvom RZD vrátia nejaké tie peniažky.

Ty si uplatňovala NČZD tak - ako ťa on o to požiadal - nemusel. Normálne spravíš RZD.
Myslím, že ten zamestnanec určite vie - že aké má daňové povinnosti - a že mu výjde nedoplatok na dani.
Alebo si spaví DP sám - a sám si ten nedoplatok vypočíta