Dnes som prišla riešenie:
1. vytvorila som si v členení DPH nový pohyb, kde v položke "kolonka v priznaní k DPH" som vybrala "Oprava odpočítanej dane §53" (v súčasnej ponuke som nemala túto možnosť)
2. cez interný doklad som účtovala cez 2 riadky - vytvorila som si predkontáciu:
548/395 ... len základ, suma, ktorá mi vyšla vo výpočte ako rozdiel medzi prepočítanou krátenou DPH a neuplatnenou DPH, v členení DPH "výdaj bez vplyvu na DPH"
343/395 ... len DPH, suma s opačným znamienkom ako v predchádzajúcom riadku, v členení DPH "Oprava odpočítanej dane §53"
Výsledná suma interného dokladu bude nula.