NIe , takto to nemôžeš zaúčtovať,(hoci môžeme účtovať aj na nákladových účtoch na stranu D). Ale máš na MD 518 faktúru od dodávateľa za úpravu? Takto by to bolo správne. Ty vyfakturuješ len to, čo si skutočne dodala. A dodáv. resp. aj tvoj odberateľ, to čo dodal on.

Áno, môžeš.
Ale konkrétne v tvojom prípade nerozumiem, prečo odberateľ sám nevystavil faktúru sa svoju činnosť - teda úpravu Vášho tovaru. Alebo prečo ste mu k Vami dodanému tovaru nedali zľavu za to, že to musí urobiť sám.
V účtovaní, ktoré si napísal/la sa Vám zvyšuje pohľadávka voči odberateľovi na 311 - teda očakávate, že odberateľ zaplatí viac. Ja som to ale pochopila tak, že má zaplatiť menej. V tom prípade by som účtovala sumu úpravy 518/321 - napríklad interným dokladom, a následne urobila zápočet 321/311, čím by sa mi dostali pohľadávky na správnu hodnotu. Samozrejme, že správne by boli aj náklady a výnosy.
Mínusovým znamienkom sa zvykne účtovať ak opravujeme chybu, účtujeme dobropis a podobne, čo nie je tvoj prípad.
Ak som nepochopila podstatu účtovného prípadu, vysvetli mi to bližšie. Nájdeme cestu.

ak to mu spravne rozumiem vy ste dodali napr. tovar za 1000 EUR, ale vas odberatel na nom vykonal upravu za 200, tak ste vyfakturovali:

tovar 1000
uprava -200
na uhradu 800 EUR

Mne to vychadza, ze vy ste mali fakturovat len 800 EUR. Ak by odberatel najprv vykonal na vasom tovaru uprave, vyfakturoval by vam prace 200 eur a nasledne by ste mu vy predali tovar 1000 EUR, urobili by ste vzajomny zapocet faktur.