§ 15 zákona o DPH hovorí o mieste dodania služieb a nie o tom, či sa má faktúra vyhotoviť s DPH alebo bez DPH. Podľa toho, čo píšeš je miesto dodania služby na Slovensku a poskytnutá služba je predmetom DPH.
Podľa § 5 zákona o DPH bol dodávateľ z Nemecka pred začatím výkonu takejto činnosti povinný registrovať sa na Slovensku.
§ 5
(1) Právnická osoba alebo fyzická osoba, ktorá nemá v tuzemsku sídlo, miesto podnikania alebo prevádzkareň a ktorá podniká v zahraničí (ďalej len "zahraničná osoba"), je povinná podať žiadosť o registráciu pre daň Daňovému úradu Bratislava I pred začatím vykonávania činnosti, ktorá je predmetom dane. Žiadosť o registráciu pre daň nie je povinná podať zahraničná osoba, ak dodáva len
a) prepravné služby, ktoré sú oslobodené od dane podľa § 46,
b) prepravné služby a s nimi súvisiace doplnkové služby, ktoré sú oslobodené od dane podľa § 47 ods. 6 a § 48 ods. 8,
c) služby a tovar s inštaláciou alebo montážou a osobou povinnou platiť daň je príjemca (§ 69 ods. 2 až 4),
d) zemný plyn a elektrinu a osobou povinnou platiť daň je platiteľ alebo osoba registrovaná pre daň podľa § 7 (§ 69 ods. 9),
e) tovar z tuzemska do iného členského štátu, ktorý bol dovezený z tretieho štátu, a zahraničná osoba bola zastúpená daňovým zástupcom podľa § 69a, alebo
f) tovar v rámci trojstranného obchodu podľa § 45, na ktorom je zúčastnená ako prvý odberateľ.

(2) Daňový úrad Bratislava I je povinný zahraničnú osobu podľa odseku 1 registrovať pre daň, vydať jej osvedčenie o registrácii pre daň a prideliť jej identifikačné číslo pre daň bezodkladne, najneskôr do siedmich dní odo dňa doručenia žiadosti o registráciu pre daň. Dňom uvedeným v osvedčení o registrácii pre daň sa zahraničná osoba stáva platiteľom; tento deň nesmie byť neskorší ako 31. deň po doručení žiadosti o registráciu pre daň.

Ak nemecká spoločnosť postupovala v súlade so zákonom o DPH, bola povinná registrovať sa pred poskytnutím služby na Slovensku a následne vyhotoviť faktúru so slovenskou DPH. Z tvojej otázky nie je zrejmé, či nemecká firma je registrovaná za platiteľa DPH na Slovensku a či vyhotovila faktúru so slovenskou DPH.