Pozri si najprv § 38, ods. 1 ZoDPH, či predávaná stavba spĺňa podmienky pre oslobodenie od DPH a potom sa rozhodni, či cenu navýšiš o DPH, alebo nie. Kupujúci má nárok na odpočet, takže pre vás oboch je to cenovo viacmenej skoro jedno. Iba časový faktor odvodu a odpočtu sumy DPH hrá rolu. Keďže bola kúpená od neplatiteľa DPH, tak § 54 je bezpredmetný.

Poopravím predchádzajúcu odpoveď: od 1.10.2012 funguje pri predaji nehnuteľností (stavba po 5 rokoch od kolaudácie) prenos daňovej povinnosti ( §69 ods. 12 písm. c) Zákona o DPH). V tom prípade za splnenia 5 rokov od prvej kolaudácie a pri uplatnení DPH sa použije režim samozdanenia. To znamená, DPH na vstupe aj výstupe uvádza v daňovom priznaní kupujúci, u predávajúceho to bude bez DPH (s odvolávkou na príslušné paragrafy na faktúre).
Ak sa rozhodnete o oslobodení - v tom prípade treba riešiť otázku vrátenia DPH z prípadných technických zhodnotení, ktoré bolo odpočítané.
Ináč - čo sa týka samozdanenia nehnuteľností - v praxi sa veľmi často stretávam s neznalosťou, resp. nepochopením tohto ustanovenia, ktoré už platí pomaly rok, ale do praxe sa nejak ťažkopádne dostáva, tak teda dúfam, že to chápem a používam správne ja, lebo naozaj som už niekedy na pochybách...