Najprv si ujasni, čo je dobré - či účtovníctvo alebo sklady.
Podľa tvojho komentára sú správne hodnoty v účtovníctve, ale v skladovom hospodárstve je bordel. Tzn. nepotrebuješ nič účtovať, len neúčtovnými pohybmi dostať sklady do súladu s účtovníctvom.
Ako prvé by som riešila, prečo tento problém vznikol a ako sa mu dá predísť. Lebo, dnes to síce "narovnáš", ale o mesiac budeš riešiť presne tento istý problém, o dva znovu atď.... skrátka, spravíš si z toho nekonečný príbeh.
Po druhé - nesúlad skladu s účtovníctvom by som riešila s hotlinenom daného softvéru. Ono, môže to byť po programovej stránke dosť komplikované, toto narovnať. Môže sa to robiť napr. cez "finančnú inventúru". Ale takto sa ti nedá poradiť.