Vystavená faktúra a druh služby sú dve rôzne veci.
Predovšetkým je nutné určiť miesto dodania služby, pretože slovenská DPH rieši iba dodávky služieb s miestom dodania v tuzemsku (§2 odst 1.b.)
Miesto dodania rieši § 15 a §16. Ak dodávaš "zdaniteľnej osobe", potom miesto dodania je v Tvojom prípade Švajčiarsko resp. Japonsko pokiaľ to nie sú služby uvedené v § 16 (napríklad práce na nehnuteľnosti umiestnenej na Slovensku).
V prípade, že služby spadajú pod § 15, potom daňová povinnosť sa prenáša na odberateľa. Ak má tento odberateľ sídlo v EÚ, faktúra by musela byť uvedená v SV (§80 odst. 1.b.). V Tvojom prípade má sídlo v tretej krajine, dodávka nie je predmetom Slovenskej DPH a nie je predmetom Súhrnného výkazu. Ak je to však služba spojená s vývozom tovaru, potom sa uvádza na riadku 17 DPH (v KV DPH a SV DPH sa neuvádza).
Záver: Pre správne vykázanie služieb dodaných zdaniteľnej osobe z tretej krajiny je nutné analyzovať druh poskytnutej služby.