Na úvod je nevyhnutné upozorniť, že je potrebné rozlišovať medzi zánikom funkcie hlavného kontrolóra a medzi skončením pracovného pomeru po zániku tejto funkcie. Zánikom funkcie hlavného kontrolória, jeho pracovný pomer k obci nekončí!
Zákon č. 369/1990 Zb. o obecnom zriadení v znení neskorších predpisov v § 18a ods. 8 taxatívnym výpočtom ustanovuje spôsoby zániku funkcie hlavného kontrolóra. Jedným zo spôsobov, je aj zánik výkonu funkcie hlavného kontrolóra vzdaním sa funkcie (§ 18a ods. 8 písm. a)). Keďže ide o zánik funkcie ex lege (zo zákona), obecné zastupiteľstvo (ani starosta obce) nemusí so vzdaním sa funkcie súhlasiť, nie je potrebné žiadne uznesenie a pod. Z hľadiska právnej istoty je dôležité, aby hlavný kontrolór prejav svojej vôle vyjadril písomne a doručil ho starostovi obce. Výkon funkcie končí dňom vzdania sa tejto funkcie (deň môže byť uvedený v písomnom oznámení), alebo ak tam deň nie je uvedený, dňom doručenia písomného oznámenia.
Druhým krokom je riešenie zotrvania alebo skončenia pracovného pomeru, čo patrí do výlučnej právomoci starostu obce.
Všeobecne platí, že pracovný pomer možno skončiť len spôsobom uvedeným v Zákonníku práce. Na hlavného kontrolória, ako zamestnanca obce, sa vzťahuje nie len Zákonník práce, ale aj zákon č. 552/2003 Z. z. o výkone práce vo verejnom záujme v znení neskorších predpisov. Jedným z predpokladov výkonu práce vo verejnom záujme je skutočnosť, že táto osoba bola zvolená podľa osobitného predpisu (§ 3 ods. 1 písm. e) zákona č. 552/2003 Z. z.). Osobitným predpisom, ktorý určuje ako predpoklad výkonu práce vo verejnom záujme, ktorým je voľba, je zákon o obecnom zriadení. Keďže vzdaním sa funkcie hlavného kontrolóra, zamestnanec prestal spĺňať tento predpoklad, je na mieste použiť výpovedný dôvod uvedený v § 63 ods. 1 písm. d) bod 1. Zákonníka práce, alebo skončiť pracovný pomer dohodou z tochto dôvodu.