Je tu viacero problémov, myslím že ich poriešime.:

Slovenská firmy (živnostník) zamestnáva pracovníkov, ktorí nie sú občanmi SR. Títo pracovníci pracujú v zahraničí (ČR). Z hľadiska dane z príjmov sú títo pracovníci vo firme, ktorá má daňovú povinnosť na území SR. To znamená, že ich príjem, vyplatený zo závislej činnosti, musí zdaniť na území SR a túto daň odviesť daňovému úradu.

Z hľadiska zdravotného poistenia túto otázku nechám iným. Podobne aj sociálne poistenie. Tu by som mohol urobiť chybu, pretože som takýto prípad ešte nemal.

Pracujem vo firme, ktorá mala podobný problém.
Hovoríte, že slovenský podnikateľ zamestnáva pracovníkov v ČR. Ak sú to jeho zamestnanci v hlavnom pracovnom pomere, tak odvody sú normálne na území SR, len treba im vybaviť v sociálke a zdravotke preukaz E101 a E111 (v rámci EU). Je to len papierovanie ale je to potrebné.
Účtovníctvo vedie normálne na Slovensku.
Ak je plátca DPH na Slovensku a nemusí sa ako plátca DPH registrovať v ČR*, tak česká firma (pre ktorú tento slovenský podnikateľ robí) vystaví faktúru bez DPH a tento SR podnikateľ si prepočíta kurzom NBS faktúru a pripočíta k nej DPH - lebo musí fa zdaniť na Slovensku (DPH na výstupe) ale zároveň si túto DPH aj uplatní (DPH na vstupe).
*Povinnosť registrácie na DPH v ČR je podľa toho aké práce tam vykonáva a v akom rozsahu - najlepšie je preštudovať zákon o DPH (ČR) alebo priamo zavolať tel: Daň.úrad Praha I: 00420 2 24042133, preto že ich §108 hovorí: osoby povinné priznať a zaplatiť DPH je povinný plátca, ktorý uskutočňuje zdaniteľné plnenia v tuzemsku (ČR).
Čo sa týka dani z príjmu, tak ak tam ako firma nebude viac ako 183 dní neplatí daň z príjmu ale ak toto obdobie prekročí musí sa registrovať a platiť v ČR daň z príjmu z obratu, ktorý tam nadobudol. Samozrejme, že tých 183 dní sa počíta následne po sebe idúcich mesiacoch (nie v jednom roku ale stále za sebou), čiže najlepšie je 1/2 roka tam robiť a 1/2 roka nerobiť.