Spôsob účtovania nenávratných finančných príspevkov zo štrukturálnych fondov pre účtovné jednotky účtujúce v sústave jednoduchého účtovníctva je upravený Opatrením Ministerstva financií SR č. 23586/2002-92, ktorým sa ustanovujú podrobnosti o postupoch účtovania a podrobnosti o usporiadaní, označovaní položiek účtovnej závierky, obsahovom vymedzení položiek a rozsahu údajov určných z účtovnej závierky na zverejnenie pre účtovné jednotky účtujúce v sústave jednoduchého účtovníctva, ktoré podnikajú alebo vykonávajú inú samostatnú zárobkovú činnosť, ak preukazujú svoje výdavky vynaložené na dosiahnutie zabezpečenie a udržanie príjmov na účely zistenia základu dane z príjmov v znení Opatrenia MFSR č. 25167/2003-92.
Príjem prostriedkov sa účtuje v peňažnom denníku v prehľade o príjmoch, ktoré neovplyvňujú základ dane a zároveň v knihe záväzkov.
V nadväznosti na účel použitia prostriedkov poskytnutého finančného príspevku, sa pri uzatváraní peňažného denníka účtujú účtovné operácie s ohľadom na vyčíslenie základu dane z príjmov v nadäznosti na § 17 ods. 3 písm h) zákona č. 595/2003 Z. o dani z príjmov