Na rozdiel od výpočtu mesačných preddavkov, pri ročnom zúčtovaní nie je potrebné žiadať o uplatnenie odpočítateľnej položky. Zdravotná poisťovňa určí nárok a výšku odpočítateľnej položky poistencovi automaticky. Samozrejme, uplatnenie odpočítateľnej položky sa vzťahuje len na takých poistencov, ktorí boli aspoň časť roka zamestnancami v pracovnom pomere, štátnozamestnaneckom pomere, služobnom pomere alebo v štátnej službe.

Pozor, pri uplatnení odpočítateľnej položky v ročnom zúčtovaní nie sú vylúčení takí zamestnanci podľa predošlej vety, ktoré boli súčasne zamestnaní u viacerých zamestnávateľov, boli aj SZČO alebo mali príjmy z ďalších zárobkových činností. Pri určení výšky odpočítateľnej položky sa však prípadný iný príjem zamestnanca zohľadní, dokonca sa zohľadní aj "príjem" samoplatiteľa, ak bol zamestnanec časť roka dobrovoľne nezamestnaný (pozrite ďalej 4. krok výpočtu).

Poznámka: výška odpočítateľnej položky v ročnom zúčtovaní nie je daná ako súčet "mesačných" súm odpočítateľných položiek, ktoré si zamestnanec uplatnil postupne počas roka. V ročnom zúčtovaní sa "ročná" odpočítateľná položka určí nanovo.